微生物檢測是指按照一定的檢測程式和質量控制措施，確定單位樣品中某種或某類微生物的數量或存在狀況，食品中微生物數量的多寡與食品的腐敗程度及安全性有關，因此，測定食品中微生物數量為食品衛生檢驗上的重要工作。
實驗室食品微生物檢驗項目常見以下三類：
衛生指標菌：可以了解食品受汙染的程度。例如：生菌數、大腸桿菌、大腸桿菌群和腸桿菌科。
病原性微生物：用來確保食品的安全性。例如：金黃色葡萄球菌、沙門氏桿菌、仙人掌桿菌、李斯特菌、腸炎弧菌或病原性大腸桿菌……等。
指標成分：確認總數含量。例如：乳酸菌
致病性微生物的接觸及攝入是水質、食品的主要風險之一，因此其微生物含量為評估衛生與品質監控的常用指標。
濾膜法為檢測水質、液態樣品中微生物經常使用的方法，其利用濾膜將大於其孔徑的微生物滯留於濾膜上，經適當條件培養後即可得知樣品中的微生物數目。
濾膜法常以真空幫浦搭配過濾瓶組操作，並以負壓加速過濾流程。此外，建議選擇SS316不鏽鋼材質過濾漏斗，可本生燈快速火焰滅菌，比起蒸氣滅菌(Autoclave)更能節省約87%時間。(參考：SGS火焰滅菌確效)
- 廢水、放流水等水體之總菌落數檢測
- 飲用水、地面水等水體大腸桿菌群檢驗
- 包裝及盛裝飲用水中糞便性鏈球菌檢驗
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